Prin declaratiile si initiativele sale, episcopul a sustinut in permanenta faptul ca maghiarii din tara noastra isi doresc autonomia in interiorul granitelor Romaniei, idee care se regaseste si in actuala campanie electorala pentru alegerile europarlamentare, unde acesta va candida pe Lista Solidaritatii Maghiare, alaturi de candidatii UDMR Gyula Winkler, Csaba Sogor si Peter Kovacs. Tökes a lansat diversiunea existentei unui asa-zis program guvernamental secret de populare a judetelor Covasna si Harghita cu cetateni din Republica Moldova, in baza unui e-mail primit, sub forma de petitie, de presedintele Consiliului Judetean Covasna, Tamas Sandor, de la un cetatean moldovean ce invoca acest program. Tökes i-a acuzat pe europarlamentarii Adrian Severin si Victor Bostinaru (organizatorii unei conferinte in amintirea alungarii regimului sovietic de la Budapesta din 1919 de armata romana) de faptul ca se folosesc de manifestatiile de la Chisinau pentru a legitima revendicari teritoriale, invocand si faptul ca pe invitatia distribuita in PE aparea o harta ce prezenta anexarea Moldovei la Romania. Europarlamentarul Calin Chirita a declarat ca "Discursurile electorale ale domnului Tökes se situeaza in fara realitatii. Cu doar cateva saptamani inainte, acuza Romania, in mod aberant, de genocid pasnic".
Acuzatii pe banda
Sub titlul "Autonomii functionale in Europa - Tendinte autonomiste in Transilvania", la 1 mai 2009, Tökes a organizat la Miercurea - Ciuc o conferinta pe teme de autonomie, invitand, pe langa politicieni ungari, strategi ai conceptelor autonomiste, si europarlamentari din zone autonome ale Europei, unde a reluat acuzatiile antiromanesti. La finalul discursului sustinut in data de 4 mai la Sfantu Gheorghe, cu ocazia lansarii campaniei electorale pentru alegerile europarlamentare, episcopul a declarat ca, desi in 1989 multi spuneau ca nu va existat o revolutie, aceasta s-a produs - acelasi lucru fiind valabil astazi in privinta chestiunii autonomiei maghiarilor.
In cursul unor intrevederi avute cu presedintele Hans-Gert Pottering, in anul 2008, Tökes Laszlo a atras atentia asupra "reprimarii si umilirii continue a minoritatii maghiare din Transilvania" si a "ascensiunii nationalismului", acesta criticand "respingerea manifestata de Romania fata de aspiratiile autonomiste ale maghiarimii transilvanene".
In luna noiembrie 2008, Laszlo Tökes impreuna cu Fodor Imre, presedintele CNS de la acea data, au solicitat in cadrul unei conferinte de presa sustinuta la sediul PE, renegocierea Tratatului de baza dintre Romania si Ungaria si actualizarea lui, pe motiv ca acesta nu intruneste conditiile necesare protectiei drepturilor minoritatii maghiare, in ciuda faptului ca este realizat in baza legislatiei internationale in materie.